| 年度 | メンバー | プロジェクト名 | 開催地 | 最終成績 |
|---|---|---|---|---|
| 2011 | 浜野 栄美、玉置 拓也、橋爪 未来、石野 愛、金田 優、北脇 悠介、南田 信哉、山中 優誠 | Molecular NINJA | ハーバード大学 | Project Awards 金賞 Best Presentation Award 第２位 分子ロボットコンテスト初代チャンピオン |
| 2012 | 戒能 誠史、亀田 弘二、園田 卓也、野水 元寛、松本 一輝、松本 奈々 | Molecular NINJA Returns | ハーバード大学 | Project Awards 銅賞 |
| 2013 | 浅野嵐、飯田 祥弘、池田 勇太、田中 静磨、平山 絢太、弓下 遼太郎、渡邉 亮介 | Nano Flip-Book | ハーバード大学 | Project Awards 金賞 |
| 2014 | 奥山 瞳、木越 絵理奈、中川 翔太、福島 和季、山本 恵梨花、若林 建汰 | NANO QR CODE | ハーバード大学 | Project Awards 銅賞 |
| 2015 | 赤松 直秀、西田 奈央、遊上 晋佑 | DNA Origami Chochin | ハーバード大学 | Project Awards 銅賞 |
| 2016 | 安部 翔太、阪本 康太、馬場 史、山口 尚人、山﨑 裕太 | Color control on the DNA origami based on RGB | カリフォルニア州立大学サンフランシスコ校 | Project Awards 銅賞 |
| 2017 | 石川 竣平、小林 聖幸、巽 康平、藤原 壮一朗、松山 剛士 | DNA Randomizer | カリフォルニア州立大学サンフランシスコ校 | Project Awards 銀賞 |
| 2018 | 伊藤 凌太、寺上 佳奈、成子 諒、西川 菜々美、真野 祐樹、森高 勇人 | Nano QR code Ver.2 | カリフォルニア州立大学サンフランシスコ校 | Project Awards 銅賞 |
| 2019 | 乾 大地、岡本 祐太、木原 健吾、西川 智貴、橋本 裕貴、鉢呂 有平、山本 裕貴、Jerry Yau Chun-khit | BIG AMBITION OF TINY CAR | カリフォルニア州立大学サンフランシスコ校 | Project Awards 銅賞 |
| 2020 | 田中 喜基、山崎 祐大 | TEAM A | オンライン | Best YouTube Video賞 総合準優勝 |
| 高野 史章 | TEAM B | Best Project Website賞 総合優勝 |
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| 2021 | 土橋 佐江子 | TEAM A | オンライン | Best Project Website賞 Best YouTube Video賞 総合優勝 |
| 川村 隆、南出 悠貴 | TEAM B | Best Presentation賞 Audience Choice Award 総合準優勝 |
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| 石井 順也、徐 鵬程 （チューター：高野 史章） | TEAM C | 総合４位 | ||
| 片倉 慎之介、田花 汐理 （チューター：西川 智貴） | TEAM D | 総合３位 | ||
| 2022 | 谷本 晃一、西田 琢臣 | TEAM A | オンライン | Best YouTube Video賞 総合準優勝 Project Awards 金賞 |
| 村岡 佑亮 | TEAM B | Project Awards 銀賞 | ||
| 矢原 涼太郎、山本 真也 | TEAM D | Project Awards 銅賞 | ||
| 井上 豪、角田 龍 | TEAM E | Project Awards 銅賞 | ||
| 2023 | 乾 俊輝、川合 充佳乃、武原 春奈、立通 明日香、永吉 幹、橋本 毬亜、吉江 玲央、渡辺 風樹 | Molecular Ninja Evolution | 東京工業大学 | Best Youtube Video賞 第２位 Project Awards 銅賞 |
| 2024 | 大嶋 ゆう、桶谷 裕人、後藤 真結、佐野 七菜佳、須藤 大輝、丹野 翔貴、松田 大知 | 九州工業大学 | Project Awards 銅賞 |
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